Η αρχαία πόλη

Η πόλη της Νάξου είναι κτισμένη στην θέση της αρχαίας Καλλίπολις. Ο λόφος του μεσαιωνικού κάστρου, του οποίου τα ψηλότερα σημεία ισοπεδώθηκαν με την φραγκική εγκατάσταση, αποτελούσε την αρχαία ακρόπολη. Η πόλη ήταν κτισμένη στην βόρεια πλαγιά του λόφου προς την παραλία της Γκρότας. Ένα μεγάλο τμήμα της, σκεπάζεται σήμερα από την θάλασσα, καθώς η στάθμη του Αιγαίου έχει ανυψωθεί σε σχέση με την αρχαιότητα. Στον πυθμένα της θάλασσας διακρίνονται λείψανα αρχαίων κτισμάτων.
Το κέντρο και η αγορά της πόλης βρισκόταν στη θέση που είναι κτισμένη σήμερα η Μητρόπολη των Ορθοδόξων. Κάτω από την πλατεία της Μητρόπολης (αρχαιολογικός χώρος Γκρότας) οι ανασκαφές αποκάλυψαν λείψανα της αρχαίας πόλης της Νάξου (1600 – 1100 π.Χ.) που ήταν μία από τις σημαντικότερες του Αιγαίου. Ο χώρος έχει διαμορφωθεί κατάλληλα και είναι ανοιχτός στο κοινό.

Παλιό χειρόγραφο αναφέρει ότι στο νησάκι μέσα στο λιμάνι, όπου είναι κτισμένη η εκκλησία της Μυρτιδιώτισσας, υπήρχε ναός του Ποσειδώνα.